曾经，人类与拥有凶恶咒术力的女王--妃魅祸率领的邪魔大王国的埴轮幻神发生过壮绝的战争，战争最后以人类封印了妃魅祸而获得了胜利。在那场战争的50年后，人类在平静的生活中渐渐忘记了那场战争。但是，埴轮幻神又一次出现了！与它们展开战斗的是司马迁次郎博士率领的BUILD BASE！高校生草薙剑儿借着由从BIG SHOOTER射出的各种部件装着组合而成「钢铁神吉克」，与它们展开了激烈的战斗。现在，关系到人类存亡的新的战斗开始了……
父母亲突然的过世，而变得孤独一人的少女玛丽被姑丈阿齐博尔德领养而带到克莱文家的宅邸。在那里有被墙壁包围起来的庭园，但那里被告知是被禁止进入了，可是受不了诱惑的玛丽兴起了很想进去的好奇心。在那之后却好不容易在一只红色知更鸟的帮助下，让她找到禁止进入的庭园入口钥匙。她打开门进去后发现那里一片荒芜，但这却让她打算复苏阿齐博尔德过世的妻子（玛丽的姑姑）生前所照顾过而现在被荒废的秘密花园。在她开始努力不久后，她遇见关闭心灵、对什么事情都自暴自弃的阿齐博尔德的儿子柯林，玛丽她开始用她的真心治愈住在宅邸里的人们的心。
“我毕业于东中，叫做凉宫春日。我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界人或者超能力者的话，就尽管来找我吧。”这是凉宫春日的宣言，也是她对于平庸生活的挑战。 我们可能在很小时就不再相信圣诞老人的存在，也慢慢不会再对外星人，特异功能等等产生幻想。在生活的教化下习惯于平淡无奇的生活。可是不安于现状的凉宫同学却勇敢的建立起SOS团，用强烈的意志去试图改造这个了无新意的世界。她的忧郁，究竟从何而来，又将从何而去。
主角是一位憧憬山吹高中美术科，并以优异的成绩入学的少女由乃。因为家中离学校很远，而住在学校校门前的公寓“向阳庄”。住在隔壁的是同学年的同学宫子而在各自房间正下方的是学姐寻和沙英。因为同住在向阳庄而变得熟悉的不同性格的四人，每天都有着既奇怪又有趣的事情发生。
私立碧阳学院的学生会成员都是通过单纯的人气投票评选出来的，这样做的结果导致了由学生会长樱野栗梦开始，除了通过努力学习进入学生会的男生杉崎键之外，所有学生会成员都是清一色的美少女。而本作要讲述的就是私立碧阳学院学生会波澜壮阔的校园生活！
真理野康也的哥哥裕也，是一位赢得“激斗战车”亚洲冠军的选手，却不幸在参加世界杯比赛的前夕车祸身亡，小也跟随着哥哥的脚步，加入激斗战车的行列，以成为世界冠军为目标，然而小也所属的飞田车会却因为万院寺健的离开而陷入困境；为了重振社团，小也积极寻找着志同道合的伙伴，经历一次次的失败考验后，在自己的努力锻炼及同伴们的友情支持下，一步步朝胜利之路迈进！
作为主人公的宇佐美成功进入了自己期望的“长岛高中”。这个高中必须参加社团活动，于是和自己的朋友有马小夜一起想找个应付性的社团。她们看到了一个有格外令人注目名称的社团，叫做“传统技艺继承部”。在还没有明白其意义的情况下，她们就被吸收入部（社团）了。然后越来越不清楚其意义了。
表面上看来，索尼娅是一个扎着双马尾的金发美少女高中生，但实际上，她有着异常敏锐的神经，能够感应到突然靠近她的生物。少女折部安奈自称是索尼娅的朋友，但似乎没有得到索尼娅的认可，性格迥异的两位少女，开始了一段欢乐日常故事。
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