1988年，为了应对不断翻倍的犯罪增长率，联邦将曼哈顿岛改建成一座庞大的监狱，囚犯们被扔到其中自生自灭，纽约城变成了犯罪之城。转眼已是1997年，代号“大卫14”的美国空军一号被美国国家解放阵线劫持，最后坠毁在监狱城内，美国总统独自深陷城中。曾经的空军英雄、功勋特种队员普林斯肯中校（库尔特•拉塞尔 Kurt Russell 饰）由于抢劫银行入狱，政府决定利用普林斯肯潜入监狱城，救出总统。普林斯肯的任务时间只有二十四小时，他在城中找到了自己昔日的战友、如今监狱地下统治者“公爵”的部下瑟翁，他们合作搭救总统，
蒙面英雄佐罗（安东尼霍普金斯 Anthony Hopkins 饰）为了阻止西班牙总督蒙特罗滥杀无辜，突然从天而降，劫走了准备行刑的犯人，从而与蒙特罗结下深仇。随后，蒙特罗派部队跟踪了佐罗。在一片混战中，佐罗的妻子被杀死，还在襁褓中的女儿被虐走，佐罗也被投入了监牢。一晃眼二十年过去了，为了让自己的事业后继有人，佐罗带上面具逃出了监狱。蒙特罗这时仍然在作恶，他计划买下加利福尼亚的所有权。佐罗找到了年轻的盗贼马瑞塔（安东尼奥班德拉斯 Antonio Banderas 饰），将毕生所学都传授了给他，希望马瑞塔能够
一位神秘人物的出现让小镇上的居民终日生活在恐惧之中，他利用一架邪恶的机器制造出了许多可怕的怪物，将它们放到镇上为非作歹。这时，就轮到“秘密公司”的诸位出马了，可摩拳擦掌跃跃欲试的沙吉（马修·里沃德 Matthew Lillard 饰）和搭档史酷比（Neil Fanning 配音）却被告知留守公司，不必参加行动。 不甘心的沙吉决定和史酷比私下里调查事件的真相，以挽回他们一败涂地的名声，没想到却闹出了一大堆的麻烦。随着调查的深入，博物馆馆长帕特里克（赛斯·格林 Seth Green 饰）带着他的阴谋渐渐浮
